Podstawowe znaczenie dla prawidłowego funkcjonowania systemu handlu uprawnieniami do emisji ma prowadzenie kompletnego, spójnego, przejrzystego i dokładnego monitorowania oraz wiarygodnej sprawozdawczości w zakresie emisji gazów cieplarnianych. System ma zapewnić porównywalność emisji dwutlenku węgla w każdym państwie członkowskim UE. Reguły dotyczące monitorowania i raportowania w zakresie emisji gazów cieplarnianych,  określone są w rozporządzeniu Komisji (UE) Nr 2018/2066 z dnia 19 grudnia 2018 r.

Prowadzący instalacje i operatorzy statków powietrznych powinni wykonywać swoje obowiązki związane z monitorowaniem i raportowaniem emisji kierując się następującymi zasadami:

1. kompletności – należy uwzględnić wszystkie emisje z procesów technologicznych i spalania ze wszystkich źródeł w ramach instalacji,
2. spójności, porównywalności i przejrzystości – należy prowadzić monitorowanie i raportowanie w sposób spójny, przejrzysty i porównywalny na przestrzeni czasu, umożliwiający weryfikatorowi i właściwym organom odtworzenie sposobu określania wielkości emisji,
3. dokładności – należy zapewnić, aby sposób określania wielkości emisji nie dawał wyników systematycznie ani celowo niedokładnych,
4. rzetelności metodyki – zgłaszane dane nie mogą zawierać istotnych nieprawidłowości, cechować się stronniczością w doborze i sposobie prezentacji informacji oraz muszą zapewniać wiarygodny i rzetelny wykaz emisji,
5. stałego doskonalenia – należy uwzględniać zalecenia zawarte w sprawozdaniach z weryfikacji w prowadzonych potem działaniach związanych z monitorowaniem i raportowaniem.

W celu wyznaczenia emisji gazów cieplarnianych stosowane są następujące metody:

1. metody oparte na obliczeniach:

a)      metodyka standardowa (rozróżniająca emisje z procesów spalania i procesów technologicznych);

Polega ona na obliczaniu wielkości emisji poprzez przemnożenie wartości:

• danych dotyczących działalności (ilość paliwa lub zużytego procesowego materiału wsadowego przemnożona przez wartość opałową),
• współczynnika emisji,
• współczynnika utleniania (dla emisji z procesów spalania) lub współczynnik konwersji (dla emisji z procesów technologicznych).

Współczynniki obliczeniowe mogą być wyznaczane na podstawie analiz laboratoryjnych albo, w zależności od stosowanego poziomu dokładności, z zastosowaniem wartości domyślnych w tym tabel zawierających dane na temat wartości opałowych (WO) i wskaźników emisji CO₂ (WE) dla paliw wykorzystywanych w gospodarce krajowej w danym roku (tabele WO i WE);

b)      metodyka bilansu masowego, polegająca na przeprowadzeniu kompletnego bilansu węgla pierwiastkowego wprowadzanego do instalacji w postaci paliw lub wsadu do procesu oraz opuszczającego instalację w postaci produktów i odpadów;

Stosowana jest w przypadku bardziej skomplikowanych procesów produkcyjnych np. w zintegrowanych stalowniach lub zakładach przemysłu chemicznego.

2. metody oparte na pomiarach

Obiektem pomiarów są same gazy cieplarniane w gazach odlotowych instalacji.

3. metodyka, która nie jest oparta na poziomach dokładności („metodyka rezerwowa”)

Stosowana w instalacjach, w których występują specjalne uwarunkowania, w których stosowanie systemu poziomów dokładności jest technicznie niewykonalne lub prowadzi do nieracjonalnych kosztów ponoszonych przez prowadzącego instalację.

4. łączenie metod.

Możliwość łączenia ww. metod dotyczy tych przypadków, dla których załącznik IV rozporządzenia 2018/2066 nie zawiera wymogu stosowania konkretnych metod. Łączenie różnych metod monitorowania można stosować jedynie pod warunkiem, że nie dochodzi do luk w danych ani do podwójnego liczenia emisji.

Wybrana metodyka monitorowania musi być opisana w planie monitorowania i zatwierdzona przez organ właściwy w decyzji zezwalającej na emisję gazów cieplarnianych. Prowadzący instalację, uczestniczącą w systemie handlu uprawnieniami do emisji, jest zobowiązany do rozliczenia wielkości emisji za każdy rok okresu rozliczeniowego na podstawie rocznego raportu o emisji gazów cieplarnianych, który dodatkowo podlega procesowi weryfikacji przez akredytowanych weryfikatorów. Aktem prawnym, który reguluje proces weryfikacji raportów jest rozporządzeniu Komisji (UE) Nr 2018/2067 z dnia 19 grudnia 2018 r. W trakcie audytu kontrolowana jest zgodność informacji zawartych w raporcie z obowiązującymi przepisami prawa oraz z planem monitorowania zatwierdzonym w decyzji zezwalającej na emisję gazów cieplarnianych z instalacji objętej systemem. Ponadto weryfikacja stanowi gwarancję, że raport zawiera wiarygodne i rzetelne dane, a wielkość emisji dwutlenku węgla została określona prawidłowo. Dopiero wydanie pozytywnej opinii, przez akredytowanego weryfikatora, umożliwia rozliczenie rocznej emisji z instalacji.